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蛋白標記的主要目的是監(jiān)測生物過程、輔助檢測（例如化合物的可靠定量、蛋白質修飾的特異性檢測）或者純化標記后的蛋白及其結合對象。蛋白質的標記能夠提高檢測靈敏度以及簡化檢測工作流程。

目前有多種蛋白質標記技術來幫助我們研究感興趣的蛋白質的豐度、位置、相互作用、翻譯后修飾、功能，乃至監(jiān)測活細胞中的蛋白質運輸?shù)葐栴}。目前有多種類型的標記物和標記方式可供選擇，但是針對特定的應用應當選擇適合的標記策略。

熒光蛋白標記：

將目的蛋白與熒光蛋白融合，則能夠實現(xiàn)目的蛋白的細胞內觀察，可用于多色標記和熒光共振能量轉移（FRET）應用，用于可視化蛋白質與其他亞細胞結構的易位，研究蛋白質-蛋白質共定位，檢測來自不同啟動子的基因表達的開始，以及混合細胞群的分離。從早期的綠色熒光蛋白GFP發(fā)展到現(xiàn)在，我們已經擁有了覆蓋多種光譜區(qū)域的熒光蛋白，包括綠色熒光蛋白、藍色和藍綠色熒光蛋白、黃色熒光蛋白、橙色熒光蛋白、紅色熒光蛋白，不同光譜型的熒光蛋白在亮度、光穩(wěn)定性、分子大小上有所不同。

熒光染料蛋白體外標記

熒光染料標記蛋白或多肽技術是常見的蛋白體外標記技術，除了GFP等融合表達熒光蛋白之外，目標蛋白經過熒光染料標記可以直接進行活體示蹤、細胞分選等下游實驗操作。

原理：熒光標記所依賴的化合物稱為熒光物質。熒光物質是指具有共軛雙鍵體系化學結構的化合物，受到紫外光或藍紫光照射時，可激發(fā)成為激發(fā)態(tài)，當從激發(fā)態(tài)恢復基態(tài)時，發(fā)出熒光。蛋白熒光標記技術利用熒光物質共價結合在目標分子的某個基團上，利用它的熒光特性來提供被研究對象的信息。

應用和特點：活化的熒光染料，例如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素（AMC）、羅丹明B（Rhodamine B）或Alexa Fluor染料等，可用于標記抗體或蛋白功能基團，生成分子探針并通過熒光成像進行檢測。當用熒光染料化學標記特異性抗體或其他純化的生物分子時，它們成為用于檢測靶抗原或相互作用配偶體的熒光探針，應用于細胞成像、流式細胞術、蛋白質印跡和酶聯(lián)免疫吸附實驗（ELISA）。因為熒光標記物具有無放射物污染、操作簡便等優(yōu)點，使其在蛋白功能研究、藥物篩選等許多研究領域的應用日趨廣泛。

蛋白量子點標記

原理：量子點（Quantum Dots）是一種無機納米結晶體，它可以根據(jù)其大小發(fā)出特定波長的熒光，它具有非常高的消光系數(shù)，其消光系數(shù)要比小分子熒光基團和熒光蛋白高出10~100倍，同時量子點的量子產率也很好。典型的量子點都含有一個CdSe或CdTe核心，外面包裹一硫化鋅（ZnS）外殼。量子點的吸收波長范圍覆蓋從非常短的波長至略低于其發(fā)射波長的廣闊范圍，因此一束單波長激發(fā)光就可以讓量子點達到多重發(fā)射。

應用和特點：目前研究出的水溶性量子點和油溶性量子點可以與抗體、鏈霉親和素等分子進行偶聯(lián)，應用于生物標記檢測、高通量編碼、活體成像及動態(tài)示蹤等領域。不過結合了生物大分子的水溶性量子點體積較大（直徑約10 nm~30 nm），從而阻礙了它通過細胞膜結構，因此只能用于經過透化處理的細胞，或者只能對胞外蛋白或可以被細胞內吞的蛋白進行研究。

熒光標記蛋白：

熒光標記的anti-CD4蛋白

熒光標記血小板糖蛋白

熒光標記甘露糖 6-磷酸-人血清白蛋白（M6P-HSA）

熒光標記熱休克蛋白HSP27

熒光標記硒結合蛋白 1  SBP1

熒光標記鋅指蛋白160

熒光標記微管蛋白α6  α-tubulin

熒光標記微絲蛋白質粒

熒光標記微管骨架蛋白質粒

熒光標記重組靈芝免疫調節(jié)蛋白

熒光標記的GSTP1蛋白

熒光標記乳蛋白

熒光標記抗原蛋白

熒光標記納米顆粒包被哈氏弧菌抗原蛋白TssJ

熒光標記豬血源纖維蛋白

熒光標記自噬底物蛋白p62

熒光標記自噬特異性蛋白LC-3Ⅱ  

熒光標記骨橋蛋白 OPN

熒光標記當歸蛋白(ASPR) 

熒光標記內質網(wǎng)跨膜蛋白PERK 

熒光標記力達霉素輔基蛋白    

熒光標記LDM輔基蛋白

熒光標記自噬特異性蛋白LC3-Ⅱ

熒光標記牛血纖維蛋白原

熒光標記hVDAC1重組蛋白