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西安瑞禧最近開拓了新的科研方向——酶抑制劑靶點預測，其中包括藥物發(fā)現(xiàn)、藥物靶點預測、藥物靶標發(fā)現(xiàn)、先導化合物篩選、藥物設計服務、靶標預測服務、藥物虛擬篩選、藥物/小分子定制合成、化合物結(jié)構(gòu)優(yōu)化活性/藥物篩選、虛擬新藥篩選服務。本文小編主要介紹的是：分子對接篩選定制。

以SARS-CoV-S/ACE2復合蛋白和2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2) Mpro水解酶為靶標,從TCMSP數(shù)據(jù)庫中篩選SARS-CoV-2-ACE2結(jié)合阻斷劑和SARS-CoV-2 Mpro水解酶抑制劑,指導以中藥小分子為前體的抗SARS-CoV-2新藥的研發(fā).方法:根據(jù)文獻報道,確定SARS-CoV-S/ACE2復合蛋白和SARS-CoV-2 Mpro水解酶晶體結(jié)構(gòu)模型上的活性位點,利用LibDock分子對接技術(shù)虛擬篩選TCMSP數(shù)據(jù)庫中的小分子化合物,結(jié)合打分值以及化合物與靶蛋白受體的相互作用模式優(yōu)化篩選結(jié)果,獲得具有抗SARS-CoV-2潛在活性的中藥小分子化合物.

結(jié)果:確定SARS-CoV-S/ACE2復合蛋白結(jié)構(gòu)中位于結(jié)合表面上的ASP38,GLN42,GLN325,GLU329,TYR436和TYR491以及SARS-CoV-2 Mpro水解酶結(jié)構(gòu)中的THR24,THR25,THR26,LEU27,ASN28和ASN119為本次分子對接的關(guān)鍵氨基酸;分子對接篩選得到20個能與關(guān)鍵氨基酸形成氫鍵的候選SARS-CoV-2-ACE2結(jié)合阻斷劑,其中主要來源于梔子,甘草,山豆根和洋金花的4個成分與靶蛋白的對接效果較好;篩選得到34個能與關(guān)鍵氨基酸形成氫鍵的候選SARS-CoV-2 Mpro水解酶抑制劑,其中主要來源于干姜,黃藥子,升麻,薺菜的4個成分與靶蛋白的對接效果較好;甘草成分甘草酚E和黃藥子成分延齡草苷元分別與靶蛋白作用的關(guān)鍵氨基酸數(shù)量最多或形成的氫鍵數(shù)量最多,分子對接效果良好.

結(jié)論:來源于中藥的4個SARS-CoV-2-ACE2結(jié)合阻斷劑和4個SARS-CoV-2 Mpro水解酶抑制劑具有潛在的抗SARS-CoV-2活性,其中甘草成分甘草酚E和黃藥子成分延齡草苷元可優(yōu)先選擇進行后續(xù)抗SARS-CoV-2新藥的研發(fā).

瑞禧酶抑制劑靶點預測相關(guān)方向：

藥物靶點評估

化合物庫定制

AI虛擬篩選藥物服務

分子對接篩選定制

藥效團篩選定制

靶中化合物設計

靶點及信號通路驗證